Die Dauer der Flaschenreifung beeinflusst den Charakter und die Qualität genauso wie der zuvor erfolgte Ausbau im Fass. Ein frischer Weißwein etwa kommt kurz nach der Abfüllung in den Verkauf. Viele Spitzenweine dagegen müssen oft auch nach der Flaschenabfüllung mehrere Jahre lang reifen.
Auch der Vorgang der Flaschenfüllung wirkt sich auf die Güte eines Wein aus. Zunächst werden die leeren Flaschen sterilisiert. Weil der Wein während des Einfüllens zwangsläufig mit Sauerstoff in Berührung kommt und oxidieren könnte, wird ihm Schwefeldioxid zugesetzt, das dieser Reaktion entgegenwirkt. Dadurch kann es zum "Abfüllschock" kommen, das heißt, zu einem unangenehmen Geruch, der sich im Regelfall jedoch nach wenigen Wochen Lagerzeit verflüchtigt. Die frisch befüllten Flaschen werden sofort mit Korken oder Schraubverschlüssen gesichert.
Um einen Wein in den Handel bringen zu können, muss ihn der Hersteller bereits vor der Flaschenabfüllung beim zuständigen Amt einreichen und mit einer Prüfnummer versehen lassen. Die Adjustierung, also das Anbringen von Prüfnummer, Etikett, Kapsel und so fort erfolgt nach der Abfüllung.
