Müller-Thurgau entstand Ende des 19. Jahrhunderts als Kreuzung aus Riesling und Madeleine royal. Ihr Züchter war der Schweizer Hermann Müller, der als Professor in Geisenheim arbeitete, jedoch aus dem Kanton Thurgau stammte.
Nach ihm ist die Rebsorte benannt. Erstmals wuchsen Stecklinge dieser Sorte auch in Schweizer Weinbergen heran, ehe sie 1913 nach Deutschland übersiedelten. Seit 1956 ist Müller-Thurgau als offizielle Sorte klassifiziert. Lange war auch die Bezeichnung „Riesling Silvaner“ üblich, die jedoch als Kreuzung mit Silvaner missverstanden werden kann und daher heute verboten ist. Ein Synonym für Müller-Thurgau ist jedoch Rivaner. Meist werden eher trockene Weine so genannt.
Mit dem Wiederaufbau nach 1945 breitete sich die Müller-Thurgau-Rebe weiter aus und wurde zur wichtigsten deutschen Weißweinsorte. Diesen Rang lief ihr später der Riesling wieder ab, doch noch immer belegen Müller-Thurgau Reben über 12 000 Hektar deutscher Anbauflächen.
Die größten davon liegen in Rheinhessen, der Pfalz, in Franken und an der Mosel. Diese früh reifende Weißweinsorte gilt als genügsam, bevorzugt jedoch Lagen mit viel Niederschlag und nährstoffarme Böden. Ihre Beliebtheit ist auch auf die hohen Erträge zurückzuführen. Die Müller-Thurgau Trauben neigen zwar zur Fäulnis und sind frostempfindlich, haben aber sonst geringe Ansprüche an den Standort. Die meisten Winzer erzielen durch einen geringen Anschnitt die besten Ergebnisse. Außerhalb Deutschlands finden sich die größten Anbaugebiete in Österreich, Ungarn und Tschechien.